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CADD如何改变药物设计？计算机辅助药物设计（CADD）结合了各种计算机工具，旨在识别和开发有前途的lead。CADD涵盖了计算化学、分子建模、分子设计和合理的药物设计。在当今的大数据环境中，虽然访问大量数据并不保证能获得适用的预测模型，但CADD仍然为药物设计带来了显著的影响。 🌐 访问大量数据并不保证获得适用的预测模型。为了预测治疗效果和副作用，需要开发能够系统地解决大量、多维和稀疏数据源的技术。基于人工智能和机器学习的方法比传统CADD方法更可取，尤其是在处理大量输入数据时。 💡 使用计算方法时，最大的挑战是利用来自可公开访问的低质量和不平衡数据库的输入数据。因此，选择具有高质量输入数据的特定手动策划的资源变得至关重要。当缺乏数据时，开发的模型的复杂性增加了过度拟合的风险。 🔧 第一天上午：背景与理论知识以及工具准备 PDB数据库的介绍和使用数据库简介靶点蛋白的结构查询与选取靶点蛋白的结构序列下载靶点蛋白的下载与预处理批量下载蛋白晶体结构 Pymol的介绍与使用软件基本操作及基本知识介绍蛋白质-配体相互作用图解蛋白-配体小分子表面图、静电势表示蛋白-配体结构叠加与比对绘制相互作用力 Notepad的介绍和使用优势及主要功能介绍界面和基本操作介绍插件安装使用 🔧 第一天下午：一般的蛋白 -配体分子对接讲解对接的相关理论介绍分子对接的概念及基本原理分子对接的基本方法分子对接的常用软件分子对接的一般流程常规的蛋白-配体对接收集受体与配体分子复合体预构象的处理准备受体、配体分子蛋白-配体对接对接结果的分析 🔧 第二天：虚拟筛选小分子数据库的介绍与下载相关程序的介绍 OpenBabel的介绍和使用 Chemdraw的介绍与使用虚拟筛选的前处理虚拟筛选的流程及实战演示案例：筛选新冠病毒主蛋白酶抑制剂结果分析与作图药物ADME预测 ADME概念介绍预测相关网站及软件介绍预测结果的分析 CADD的发展为药物设计领域带来了新的可能性和挑战。通过结合计算机工具和药物设计原理，科学家们能够更有效地识别和开发新的药物候选物。慈喀SEO百科客服微信:seo5951(有不明白的咨询他)

17个蛋白质数据库，SCI研究必备！蛋白质数据库是专门存储蛋白质相关信息的数据库，它们收集、整理和存储大量的蛋白质数据，包括蛋白质序列、结构、功能、互作关系、表达模式、疾病关联等信息。这些数据经过验证和标准化后，被整合到数据库中，使研究者能够方便地访问和利用这些数据进行各种研究工作。今天就让我给大家分享一些常用的数据库吧！ SCOP蛋白质结构分类数据库 PDB数据库 UniProt数据库 SWISS-PROT 数据库 TrEMBL数据库 PIR数据库 Pfam数据库 CTAH结构分类数据库 MMDB蛋白质分子模型数据库 BioXFinder数据库 STING数据库 SMART数据库 PANTHER数据库 PROSITE数据库 BioGRID数据库 PhosphoSitePlus数据库 The Human Protein Atlas数据库慈喀SEO百科客服微信:seo5951(有不明白的咨询他)

ENFJ的三次元和纸片人对照 ENFJ这种性格类型在男性中只占1.6%，而在女性中则稍微多一些，大约是3.3%。可以说是相当稀有了。以下是我根据PDB数据库、MBTI测试和荣格八维验证整理的一些ENFJ的三次元和纸片人对照：三次元人物《黑豹》中的Zuguo人《唐顿庄园》的克劳利夫人《鱿鱼游戏》的001号《狮子王》的木法沙《冰雪奇缘》的汉斯《约定的梦幻岛》的艾玛《海洋奇缘》的莫阿娜《哈利波特》的莉莉纸片人角色《安妮海瑟薇》《X战记》的桃生封真《权力的游戏》的小玫瑰《辉夜大小姐》的子安燕《Fate Zero》的爱因兹贝伦《犬夜叉》的日暮戈薇其他角色《Jojo的奇妙冒险》的乔纳森·乔斯达《好想急死你》的风早翔太《樱兰高校》的须王环《双城之战》的杰斯《鬼灭之刃》的炭治郎《神偷奶爸》的奥豆《偷偷藏不住》的一段嘉许《瓢虫雷迪》的玛丽娜《律政俏佳人》的Elle 《阿凡达》的Neytiri 《小马宝莉》的宇宙公主《隐秘的角落》的普普《鬼灭之刃》的蝴蝶香奈惠《Fate Zero》的夏莉《还珠格格》的晴儿《甄嬛传》的眉庄《疯狂动物城》的朱迪《动物狂想曲》的朱诺《神奇宝贝》的皮皮其他角色《红楼梦》的秦可卿《魔法少女小圆》的学姐《齐木楠雄的灾难》的一照桥心美《以爱为营》的郑书意《笑傲江湖》的宁中则这些角色和人物不仅在性格上与ENFJ相似，还在某种程度上反映了ENFJ的复杂和多面性。希望这些信息对你有所帮助！慈喀SEO百科客服微信:seo5951(有不明白的咨询他)

💻计算机辅助药物设计全攻略💊 🚀 计算机辅助药物设计（CADD）是利用计算机技术加速和优化药物研发的过程。它通过模拟和算法预测药物分子的结构、相互作用和活性，从而提高研发效率和成功率。 📚 背景与理论知识准备： 1️⃣ PDB数据库：介绍和使用，包括靶点蛋白的结构查询、序列下载和预处理等。 2️⃣ Pymol软件：基本操作、蛋白质-配体相互作用图解、结构叠加与比对等。 3️⃣ Notepad：优势、界面操作和插件安装使用。 🛠️ 蛋白-配体分子对接： 1️⃣ 对接理论：分子对接的概念、基本原理、常用软件和流程。 2️⃣ 常规对接：受体与配体分子的收集、预构象处理、对接结果分析等。 🔬 虚拟筛选： 1️⃣ 小分子数据库介绍与下载。 2️⃣ 相关程序介绍：openbabel和chemdraw的使用。 3️⃣ 虚拟筛选前处理和流程演示。 4️⃣ 结果分析和作图。 5️⃣ 药物ADME预测：概念介绍、预测网站和软件、结果分析。 🤝 拓展对接的使用方法： 1️⃣ 蛋白-蛋白对接：应用场景、程序介绍、目标蛋白收集和预处理等。 2️⃣ 涉及金属酶蛋白的对接：背景介绍、分子收集与预处理、金属离子处理等。通过这些步骤，你可以全面掌握计算机辅助药物设计的核心技术和方法，加速创新药物的研发进程！💪慈喀SEO百科客服微信:seo5951(有不明白的咨询他)

💉 医药销售数据三大数据库推荐 📊 1️⃣ IQVIA数据库（IMS艾美仕） 🌍 使用者：IQVIA数据库主要用于外资MNC药企，如N司和S司等。销售部和市场部常使用此数据库，部分公司也会使用自己的内部数据库。样本量：基于9454家医院（≥100张床位）进行样本设计，覆盖255个地级以上城市。销售数据：IQVIA的原数据用放大系数1.3-1.5较为合理，可查看全球销售数据。 2️⃣ 药融云 🌐 涵盖内容：药融云提供生物医药的全生命周期数据，包括药物研发、药品销售、市场信息、仿制药、医疗器械、生产检验、合理用药、原料药和全球药品等九个版块数据。样本量：基于10000家医院（二级及以上医院）进行样本设计，覆盖全国24个省及所有重点城市地区。销售数据：药融云全国医院销售数据样本量巨大，可覆盖全球80个国家。 3️⃣ 药物综合数据库PDB 📈 使用者：大部分券商找数会使用PDB数据库。样本量：基于全国24地区680余家样本等级医院的购药数据，涉及约3000个通用名和3500家企业。核心样本中65%的医院是三甲医院，接近80%是三级及以上医院。销售数据：PDB数据普遍只有IQVIA数据的三分之一左右，放大系数定在3-5较为合理，提供全球销售数据。你也可以加慈喀SEO百科站长微信:seo5951咨询详情。

🎓计算机辅助药物设计CADD课程开讲啦！ 🔬 生物分子互作基础：探索生物分子相互作用的研究方法，深入了解PDB数据库及其使用。 📈 蛋白结构分析：掌握Pymol软件，进行蛋白结构分析。 🧬 同源建模：学习同源建模原理，使用Swiss-Model进行实例讲解与练习。 🧪 小分子构建：使用ChemDraw软件，构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子。 💊 小分子化合物库：探索小分子数据库，为药物设计提供丰富资源。 🔗 生物分子相互作用I：掌握分子对接基础，学习Autodock软件进行半柔性对接。 🔄 生物分子相互作用II：深入了解柔性对接，进行实例讲解与练习。 🎯 虚拟筛选：利用分子对接进行虚拟筛选，发现潜在药物候选者。 🔄 小分子格式转换：学习openbabel，拓展对接使用场景。 🧬 蛋白-蛋白大分子对接：探索新冠病毒Spike蛋白与宿主蛋白ACE2的对接。 🧬 蛋白-多肽对接：研究新冠靶点3CL与多肽/类多肽抑制剂的对接。 🧬 含金属离子的蛋白靶点与小分子对接：了解基质金属蛋白酶MMP及其抑制剂对接。 🧬 小分子与小分子对接：研究环糊精与药物小分子的对接。 🧬 核酸-小分子对接：探索DNA G-四链体和配体分子的对接。 🧬 共价对接：学习激酶靶点EGFR抑制剂的共价对接。 💡 基于碎片药物设计：掌握基于碎片的药物设计与发现，构建化合物库并进行筛选。 📈 构效关系分析：创建3D-QSAR模型，指导药物设计。慈喀SEO百科客服QQ:853616368(具体细节可以问他)

蛋白质数据库大盘点：科研必备工具蛋白质数据库是专门存储蛋白质相关信息的数据库，它们收集、整理和存储大量的蛋白质数据，包括蛋白质序列、结构、功能、互作关系、表达模式、疾病关联等信息。这些数据经过验证和标准化后，被整合到数据库中，使研究者能够方便地访问和利用这些数据进行各种研究工作。 🔍 SCOP蛋白质结构分类数据库几乎所有的蛋白质都与其他的蛋白质具有结构上的相似性，并且在某些情况下，它们具有共同的进化起源。SCOP数据库是由人工检查创建的，由一系列自动化方法支持，旨在提供对所有已知结构的蛋白质之间的结构和进化关系的详细和全面的描述。因此，它提供了对所有已知蛋白质折叠的广泛调查，以及关于任何特定蛋白质的近亲的详细信息，并为未来的研究和分类提供了一个框架。该数据库在2022年6月29日的最新更新包括72544个非冗余结构域，代表861631个蛋白质结构。 📊 PDB数据库 PDB是目前最主要的收集生物蛋白质三维结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的三维结构数据库。其内容包括蛋白质的原子坐标、参考文献、一级和二级结构信息，也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据等。PDB数据库以文本文件的方式存放数据，每个分子各用一个独立的文件pdb。用三维视图软件打开pdb文件，可以查看蛋白质的立体结构。 📚 UniProt数据库 UniProt整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三个数据库，主要优势在于添加了蛋白功能注释信息，具有更新速度快、与其他数据库联系密切、分析工具齐全、使用便捷的特点，成为了目前信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。这些数据库为科研工作者提供了丰富的蛋白质相关信息，是进行各种蛋白质研究的重要工具。业务合作直接找慈喀SEO百科技术QQ:853616368(微信同号)洽谈。

💊计算机辅助药物设计全攻略📚 🔬生物分子互作基础探索生物分子间的相互作用，从PDB数据库的使用到蛋白结构分析，一步步深入。 🧬蛋白结构分析利用Pymol软件，学习如何分析蛋白结构，制作结合口袋表面图，叠合PDB结构，甚至制作蛋白相互作用动画。 🏺同源建模了解同源建模原理，使用Swiss-Model进行同源建模，掌握这一重要技术。 🧪小分子构建利用ChemDraw软件，构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子，为药物设计打下基础。 📚生物分子相互作用从分子对接基础到柔性对接，掌握分子对接原理及软件使用，进行虚拟筛选。 🔄小分子格式转换学习openbabel的使用，拓展对接使用场景，涵盖蛋白-蛋白大分子对接、蛋白-多肽对接等。 🧬拓展对接使用场景探索含金属离子的蛋白靶点与小分子对接，以及小分子与小分子、核酸-小分子对接等。 💡基于碎片药物设计从基于碎片的药物设计与发现，到基于药效团的化合物库生成，全面掌握基于碎片的药物设计方法。 📈构效关系分析构建3D-QSAR模型，从分子活性构象确定到模型验证，深入了解构效关系分析。通过这一系列课程，你将全面掌握计算机辅助药物设计的核心技能，为药物研发贡献力量！💪你也可以加慈喀SEO百科站长微信:seo5951咨询详情。

🔬分子动力学模拟全流程解析 📚分子动力学模拟是一个复杂的流程，但我们可以将其分解为几个关键步骤。首先，从PDB数据库获取晶体结构，这可以是实验解析的结构或通过同源建模获得。 🔍在模拟之前，需要对蛋白质结构进行加氢和加电荷处理，并进行原子与键的检查。这包括确定残基的质子化状态，去除不重要的小分子、离子和水分子，并进行结构优化。 💧对于配体，使用GAFF力场来提供配体的参数，并通过AM1-BCC或RESP方法得到配体的原子电荷。 🌊将蛋白质配体复合物溶解在截断八面体TIP3P水盒子中，确保水盒子边缘距离最近的溶质原子距离为12 Å。通过添加Cl-或Na+离子使系统中的电荷中和。 🔥在运行模拟之前，体系需要进行能量优化，以消除原子之间的不合理接触。 🌡️对整个体系进行加热，使用NVE系综。 🌍加压，使用NPT系综。 🏎️进行非限制性的模拟（或限制性的模拟）。 📈最后，基于获得的轨迹，可以进行后续分析，如RMSD、RMSF、B-factor、氢键分析、MMGBSA结合自由能计算以及作用机制分析等。业务合作直接找慈喀SEO百科技术QQ:853616368(微信同号)洽谈。

如何免费搞定小分子对接？大家好，今天咱们聊聊如何用免费的软件搞定小分子对接，省下两顿海底捞的钱！🍲 下载软件：Pymol免费版首先，我们需要下载几个软件。推荐大家去官网下载autodock4和mgltools，这两个软件用来做对接。然后是pymol，这个需要用到教育邮箱在官网免费申请一个license.lic文件来激活。虽然这个阉割版功能有限，但也够用了。为了方便文件转换，建议大家下载一个叫open babel的软件。虽然官方推荐新版本的autodock GPU，但咱们今天先不学这个，毕竟懒人总是有办法的。处理蛋白和小分子接下来，我们要搞定蛋白和小分子。一般默认蛋白是刚性的，小分子是柔性的。处理蛋白用pymol处理蛋白非常方便。比如，我们在pdb数据库查到某个蛋白的编码，比如EGFR是3G5X。然后在pymol的命令行输入“fetch 3G5X”，蛋白结构就出来了。接着点击all里面的A按钮，选择“move water”。如果有其他金属离子，根据需要处理，如果该离子是蛋白的组成部分，就不能去除。最后选择“file-export molecule”，保存为pdb格式。处理小分子在DrugBank下载药物的三维结构，通常是mol2格式，然后用open babel转换为pdb格式。准备文件现在，我们要开始准备文件，打开AutoDockTools。读取蛋白 File→read molecule，读取我们的蛋白.pdb。然后Edit→Hydrogens→add→选择all并确认。添加电荷 Edit→Charges→Compute Gasteiger→确认。然后Grid→Macromolecule→Choose，选择蛋白名，保存成pdbqt格式（注意，需要手动输入后缀，且保存在工作路径）。之后Edit→delete→all。处理药物同理，读取和处理药物。最后一步是Grid→Set Map Types→Choose Ligand，选择配体名保存成pdbqt格式。之后Edit→delete→all。小结今天咱们主要聊了如何用免费的软件搞定小分子对接。虽然有些软件是阉割版，但也够用了。希望这些小技巧能帮到大家，省下两顿海底捞的钱！🍲 如果你有其他问题，欢迎在评论区留言，我们一起讨论！想了解更多请加慈喀SEO百科小编QQ:853616368

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